出席停止には２種類あります。
 
１つは学校保健法による出席停止です。
 
これは学校保健法第12条に基づくもので、伝染病の拡大防止ための措置です。
（この記事は２００７年に作成しています）

校長は学校保健法施行規則第１９条に定められた「学校において予防すべき伝染病」にかかっているか、かかっている（あるいはかかる）おそれのある生徒の出席を停止させます。
 
出席停止の期間は以下のとおりです。
 
・治癒するまで（予防すべき伝染病の第１種）
エボラ出血熱　クリミア・コンゴ出血熱　コレラ　ペスト　痘瘡
 
・病気により停止期間が違う（第２種）
インフルエンザ・・・解熱後２日経過するまで。　　
百日咳・・・特有の咳が消失するまで。
 
医師が伝染の恐れがないと認められれば出席が認められる場合もあります。
 
・医師が伝染の恐れがないと認めるまで（第３種）
流行性角結膜炎　　腸管出血性大腸菌感染症　　その他の伝染病
 
医師に学校伝染病と診断された場合は学校に届ける（場合によっては診断書も）ことで出席停止扱いになります。この場合は、もちろん欠席扱いにはなりません。
 
もう１つは学校教育法（第26条・第40条）による出席停止で、問題行動（生徒や職員に傷害・心身の苦痛を与える、施設や設備を破壊する、など）を繰り返し行う小学校や中学校の児童・生徒に対して出されます。　
 
この場合、市区町村の教育委員会が問題のある生徒の保護者に対して出席停止を命じます。