納豆に含まれる葉酸や核酸は免疫機能を高めます。
 
緊張すると便意をもよおす過敏性大腸症に対しても抑制効果を持っています。

また納豆のアミノ酸は肉や煮豆などに比べて小さなアミノ酸分子（ペプチド）へ分解されやすく、消化・吸収効率は抜群です。
 

 
アミノ酸は神経伝達物質のもとになり、さらに大豆レシチンは記憶力や学習能力をサポートします。
 
脳の栄養源であるブドウ糖と組み合わせるという意味で、「納豆かけご飯」や「納豆モチ」などは脳の働きを助ける栄養メニューです。
 
血中コレステロールや中性脂肪が多い場合にも納豆が効果的です。
 
納豆を1ヵ月間食べ続けたところコレステロールは平均7.7%、中性脂肪は12.9%改善したという報告があります。
 

 
ビタミンB2の含有量は植物性食品中トップクラスです。ビタミンB2は脂質の代謝を促し、過酸化脂質の分解を助けます。
 
ネバネバに含まれる納豆キナーゼという酵素は血栓を溶かす作用があります。ビタミンKも豊富に含まれており、カルシウムの骨への吸着を助けます。